I conflitti etici sono una parte inevitabile del lavoro sotto copertura. Agli ufficiali viene spesso richiesto di costruire amicizie e relazioni con i sospetti che alla fine tradiranno in aula. La costante necessità di passare da una persona criminale alla vera identità dell'ufficiale può anche rompere o forzare le relazioni familiari. Lasciati soli per lunghi periodi, gli ufficiali potrebbero trovarsi più disposti a tagliare gli angoli etici, in particolare se vedono in anticipo prospettive di lavoro migliori.
Rapporti traditi
Per gli agenti sotto copertura, costruire dei casi significa formare strette relazioni con i sospettati che alla fine tradiranno. L'ex agente federale Billy Queen è stato alle prese con queste realtà durante un'indagine durata due anni della banda di motociclisti mongoli, "The Washington Post" riportato nell'ottobre 2005. La regina non si faceva illusioni sull'inclinazione alla violenza dei mongoli, sebbene gli piacessero molti di loro personalmente. Lo stress di destreggiarsi tra queste emozioni contrastanti alla fine costrinse la Regina a ritirarsi dall'Ufficio degli Stati Uniti di alcol, tabacco, armi da fuoco ed esplosivi, secondo il giornale.
Rischi di corruzione
Uno dei più antichi conflitti sotto copertura è quello di impersonare criminali senza oltrepassare la linea. Il capo della polizia nazionale filippina Jesus Verzosa ha espresso questa motivazione nel bandire l'uso di sostanze illegali durante le indagini sulle droghe, la rete ABS-CBN riferì nel febbraio 2009. L'ordine del capo seguì che 221 su 25.134 agenti di polizia avevano fallito i test antidroga. Un simile scandalo ha scosso la zona sud di New York a sud di Brooklyn, dove quattro ufficiali sono stati arrestati e altri sei sospesi per aver premiato gli informatori con le droghe, il "New York Times" ha dichiarato nel gennaio 2008.
Problemi di identità
Isolati da familiari e amici, gli agenti infiltrati lottano per bilanciare le loro identità reali e presunte. Il lavoro della regina contro i Mongoli ha costretto il trasferimento della sua ex moglie e due figli, che non avevano idea di cosa stesse succedendo, ha osservato il "Washington Post". Gli ufficiali britannici sono stati anche accusati di scambiare rapporti sessuali per ottenere informazioni. Una corte ha citato queste preoccupazioni nel rovesciare la condanna per omicidio di Colin Stagg, "The Guardian" ha riferito nel gennaio 2011. La sentenza ha seguito la notizia che una poliziotta sotto copertura aveva avviato una relazione con Stagg per ottenere una confessione.
Integrità perduta
Nonostante i suoi rischi e stress, il lavoro sotto copertura rimane una proposta allettante per investigatori e agenti di polizia che cercano una carriera a lungo termine. Il passaggio sotto copertura a New York City può garantire una promozione da detective in 18 mesi, anziché da tre a cinque anni, afferma il "New York Times". Tali processi possono anche generare una mentalità tagliente che può danneggiare la reputazione di un'agenzia. Nel 2003, ad esempio, 30 agenti di narcotici sono stati trasferiti da Brooklyn Sud per aver presumibilmente ricevuto $ 30.000 dal dipartimento, secondo quanto riportato dal "New York Times".
